优势
1. 与化肥相比
在我国，多年来由于长期施用化学肥料，有机肥不足，各类养分比例失调，致使农田生态环境、土壤理化性状和土壤微生物区系受到不同程度的破坏，在一定程度上影响了农产品的安全。化肥的长期使用已造成肥效下降、利用率低、土壤板结等弊端。使用有机肥则可以避免以上弊端。
2. 与农家肥相比
商品有机肥与农民自己堆沤的有机肥有什么不同呢？一般来说，没经过无害化处理的有机肥，存在许多缺陷：一是含盐分较多，容易使土壤盐化，出苗不整齐，生根慢；二是自带较多的病菌、虫卵，易引发病虫害；三是含量不稳定，无法保证足够的养分，且易烧苗烧根。
参考观研天下发布《》
3. 社会意义和环境意义
提高中国有机肥施用的比例还可避免以下诸问题：一是农业废弃物大量堆积，养分流失，污染环境。10余省份的调查资料显示，污染物中农业废弃物所占的份额达到35%-40%。二是土壤与作物严重缺钾，使土壤肥力减退十分严重。三是化肥用量增加，利用率下降，提高了农产品成本，降低了农民收入，影响农业的可持续发展。
劣势
1. 含量低、吸收慢、收效不快
有机肥料虽然营养元素含量较全面，但有效成分含量偏低，一般只有4%左右，最高的也仅为10%左右，远远低于化肥的有效成分，而且有机肥料在土壤中分解被植物吸收利用的过程较慢，很难满足农作物高产、高效的需要，这一“瓶颈”阻碍了有机肥的发展，致使有机肥料在使用中只能处于“配角”地位，无法单独在农田中大面积使用，必须与化肥配合施用才行。这势必会影响农民购买的积极性。
2. 易受pops污染
污泥、猪粪、鸡粪、堆肥与厩肥对环境的污染程度最高。畜禽粪便中的有机物污染物主要是通过饲料添加剂进入。国内研究也已证实，有机肥中存在pops（持久性有机污染物），如多环芳烃、有机氯类等。
3. 价格高
农户说：有机肥好是好，但是价格高，而且真假难辩，怕上当受骗。
机会
我国是农业大国，约20亿亩可耕土地，我国每公顷土地的肥料施用量是日本的2倍、美国的2.4倍，而我国年产化肥不足，尤其是优质化肥的更是奇缺，主要依赖进口满足农业生产的需求。美国等西方国家生物肥料已占到肥料总用量近50％。有机肥料市场巨大。
政府政策扶持
国家在出台各种化肥相关政策的同时，也出台了《关于有机肥产品免征增值税的通知》，规定自2008年6月1日起，对纳税人生产、销售和批发、零售有机肥产品免征增值税。
挑战
1. 监管不严，市场混乱，鱼龙混杂，品牌优势很难建立。
广东省工商局在全省21个地级以上市对销售量大面广、市场占有率较高或质量问题较为突出的重点企业销售的化肥、农药商品，开展定向质量监测工作，检测抽检的所有化肥品种中，有机肥料的质量最差，合格率仅为56.1%。然而，据市场反馈，有机肥市场质量问题，远不及56.1%这样乐观，质量问题令人担忧。
这是由于其一，有机肥产品不会直接导致人身安全问题，故而监管松懈；
其二，有机肥肥效慢，农户短时间内也难以判断产品是否有问题；其三，有机肥较化肥便宜，利润大，致使一些不法经销商铤而走险，制假销售。
2. 农民认识不足
农民对商品化的有机肥料本来就缺乏认识，仅肥效不明显这一点，农民就不容易接受，况且目前有机肥料市场比较混乱，一些农民还遭受过假冒伪劣有机肥料坑害；再就是因农业生产比较效益太低，而且有机肥体积大,施用时劳动强度大、效率低，而今农村里大多数青壮年都外出打工，多数农民为了省时省工而依赖化肥，除了传统习惯因素外，许多农民认为有机肥“价格有点偏高”。
3. 有机食品以次充好，扰乱市场
目前，市场上以“有机食品”为名进行销售的，许多不是用有机肥料或者不完全是用有机肥料种植出来的，这是有机食品认证把关、监督管理不严造成的后果。本来有机农产品就投入高、产出低，再加上市场混乱，一些人乱打招牌，扰乱了市场，使真正的有机食品卖不出应有的价格，也使消费者逐渐不信任有机食品，这无疑将会影响有机食品的发展和有机肥料的推广应用。
4. 规模效应明显，做有机肥必须要大的厂房与仓库，需要大型搅拌与加热烘干制粒机械，这需要大笔资金投入。据了解，根据机械的品牌功率不同，所需资金至少在几十万元以上。生产有机肥类前期投入大，每吨获利仅有数百元，只有依靠大规模生产销售才有获利空间，“没有几千吨或上万吨，基本赚不到钱”。 生产有机肥在申请生产批文时手续繁琐，过程复杂得多。生物有机肥还比化肥审批需要更多的对比试验，并且要经过农业部有关机构认可。
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